瑞金医院团队破解中国“癌王”患者特征( 二 ) 随着医学技术的进步

（往往意味着多个基因的同时突变）
与患者预后的关系。
研究人员依据患者的CNV谱将患者分成了两组， CNV-G1包括321例患者， CNV-G2包括287例患者。他们发现
与CNV-G1
（中位生存期410天）
相比， CNV-G2
（中位生存期239天）
中的患者有着更差的预后
。

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根据CNV谱将患者分为两组（A）；CNV-G1中的患者预后优于CNV-G2
为了弄清楚CNV-G1和CNV-G2这两组患者预后差异的深层原因，研究人员利用两组患者的CNV谱做了基因CNV数量的差异分析，
发现CNV-G1组有155个基因有着更高水平的CNV ，而CNV-G2组则有215个基因有着更高水平的CNV
。
后续的基因富集分析显示
CNV-G2组有更高水平CNV的基因中有26个都富集于DNA修复过程，其中11个还与HRR相关
。这意味着CNV-G2组的患者体内与DNA修复有关的基因拷贝数扩增，而CNV-G1组患者则在这些基因上出现了拷贝数缺失。

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CNV-G2组有着高水平CNV的基因有26个富集于DNA修复过程；两组患者在DNA修复相关基因上CNV水平的比较
研究人员认为CNV-G2的患者有更强的DNA修复能力，因此
将这两组患者重新命名为“修复缺陷”（CNV-G1）型和“修复完备”（CNV-G2）型
。接着，他们还比较了这两组患者之间其他基因组特征的差异，发现
修复缺陷型患者的拷贝数不稳定性高于修复完备型患者，而修复完备型患者的TMB要高于修复缺陷型患者
。
为了细化患者的分型，研究人员对608例患者分别计算了CNV分数
（基于预后风险比计算得到，因此高CNV分数代表着高风险）
。
根据患者的CNV分数将患者分成了两组，与期望一致的是，
CNV分数高的患者有着更差的预后
，这其中包括了50例修复缺陷型患者和6例修复完备型，然而这与前面得出的修复缺陷型患者的预后更好的结论并不冲突。研究人员经过亚型内比较发现，不论是修复缺陷型患者还是完备型患者，
CNV分数高的患者预后都是要比CNV低的患者更差，这表明之前对患者的分型可以根据CNV分数做进一步的细分。

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CNV分数高的患者预后比CNV分数低的患者更差
接下来研究人员对修复缺陷型患者的新亚型——“高/低CNV分数”型，做了亚型间基因的CNV数量差异分析，一共识别出了203个差异基因。在
高CNV分数患者中有着更高水平CNV的基因富集于RTK、Ras、Rap1、MAPK等信号通路，同时高CNV分数的患者也有着更高的CNV不稳定性
。因此研究人员认为：可能是由于基因组不稳定性增加使得RTK相关基因异常扩增，导致了高CNV分数患者更差的预后。
然后，研究人员在修复完备型患者中做了与修复缺陷型患者一样的分析，在这些患者中，有着更高水平CNV的基因富集于HRR相关通路。对于在修复完备型患者中有着更高CNV分数的患者具有更差预后的原因，研究人员的解释是，
HRR相关基因的进一步扩增使得癌基因被有效的修复了
。
到这里，研究人员将608例胰腺癌患者分为了四类，
修复缺陷型分为“修复缺陷型”（低CNV分数）和“增殖活跃型”（高CNV分数），而修复完备型则分为“修复完备型”（低CNV分数）和“修复增强型”（高CNV分数）
。并且从预后数据上来看，患者的预后确实跟这四种亚型有关——