模型|《细胞》：CAR-T“变身”，意在躺平！( 三 ) 通路|信号|基因|RNAseq|实体|肿瘤

为了确认这个T到NK的转换， scRNA-seq再次登场，对没受过刺激（Day 0）和刺激28天后的TCR进行测序来追踪T细胞的谱系。证实了长期刺激后细胞还是同一个细胞，只是上面长出了NK受体。
了解机制很重要，找到靶点才更好。
至此，已经观测到了CAR-T在持续抗原刺激下功能失调的原因，总结出了相关的异常表达特征。那么能不能找到专门负责调控这些异常基因的转录因子，为功能失调负责呢？研究人员再次用IPA分析scRNA-seq的差异表达基因，ID3和SOX4从一众相关的转录因子中脱颖而出。
最后，最激动人心的时刻到来了。通过海量数据分析得到的靶点，到底能不能实际改善CAR-T、修复功能呢？
研究人员敲除ID3或SOX4之后，用升级版的CAR-T再次进行持续抗原刺激实验。为了方便评价比较CAR-T功能失调的程度，研究人员把之前得出的异常CAR-T的30个特征基因打包做了一个运算，起名叫做失调指数（dysfunction score）。敲除了ID3或SOX4的CAR-T失调指数更低，有效提升了持续抗原刺激后异常CAR-T细胞的细胞毒性和肿瘤杀伤力。

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▲ 持续抗原刺激之下，敲除了ID3或SOX4的CAR-T比原版的功能异常CAR-T对肿瘤细胞的杀伤力更强
体外模型的优势和小鼠模型相比，在于更灵活易操作，便于对多个时间点取样观测。这个研究发现了CAR-T细胞因慢性刺激导致的一组功能失调的特征基因：持续的抗原刺激会导致CAR-T细胞耗竭，促使CD8 T细胞向NK状T细胞转变。
在这个转变的过程中，转录因子ID3和SOX4水平上调，调控了细胞衰竭相关的基因，其中就包括了NK受体。敲除ID3或SOX4部分修复了CAR-T细胞功能失调的问题，提升了抗肿瘤功效。
CAR-T表面NK受体上调，成为细胞耗竭的新标志，这将对免疫治疗领域产生深远影响。当然还有很多问题有待进一步的研究，例如：NK受体对于CAR-T细胞的生物学意义是什么？从CAR-T中敲除ID3和SOX4的策略是否反过来影响了肿瘤微环境？这个策略是否也可以应用于治疗其他肿瘤？此外，这个用于评价CAR-T功能的失调指数也值得进一步大范围验证，如果具有普适性，未来可以推广成为判定或预测CAR-T功能是否完好的参考标准。

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