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基因组是指一个生物体所有基因(结构和功能单位)的总和 。 基因组学是生命科学所有学科的基础 , 又是21世纪生命科学的前沿和新起点 。 现阶段的基因组有两项主要的核心技术:序列测定(sequencing , 测序)与基因组信息学(genome bioinformatics) 。
基因组学就是把生命科学“序列化”和“数字化” , 测序旨在“拿到”生命的这本“天书” , 包含DNA、RNA、甲基化、单细胞等测序方法 。 基因组信息学分析需要借助计算机和相关软件 , 结合表型分析来“解读”这本“天书” 。 丹纳赫生命科学拥有一系列的基因组学方案 , 从样本获取、核酸提取、高通量测序、基因表达和分型等方面进行广泛而深入的解析 。
01
样本获取
徕卡显微系统针对FFPE样本的富集和捕获单细胞测序建库有多项专利优势(采用专利激光扫描切割技术 , 精度可达0.07 μm) 。 福尔马林固定石蜡包埋(Formalin Fixed and Paraffin Embedded, FFPE)样本 , 可在常温情况下长期保存 , 用于组织学诊断及研究使用 。 NGS 技术的出现与不断发展进步赋予了 FFPE 样本更大的应用潜力 , 如回顾性研究、biomarker 筛查、预后指示等 。
激光显微切割 , 也被称为LMD或LCM(激光捕获显微切割) , 是一种从不同组织样本中 , 分离出特定的单细胞或整个区域组织的非接触式和无污染的方法 。 切割部分可用于进一步的分子生物学实验 , 如PCR、实时荧光定量PCR和其他分析技术 。
激光显微切割技术已广泛应用于神经科学、癌症研究、植物分析、法医学或气候研究等领域 , 该方法同时也适用于细胞培养的操作或盖玻片的显微雕刻 。 徕卡LMD系统对于优化DNA(全基因组)、RNA(转录组)的工作流程是优选的工具 , 因为他们可以在视觉控制下精确地定义并收集样本 。
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图1 徕卡激光显微切割系统 LMD6/7
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1显微切割之前 | 2显微切割之后 |
3显微切割的成纤维细胞感染 | 4重新培养后 4 天
02
核酸提取纯化
针对不同样本类型及应用方向 , Beckman Coulter Life Sciences可提供丰富的核酸提取试剂(包含DNA、RNA、总核酸提取) 。 核酸纯化和片段筛选是基因组应用中所必须的步骤 , 这些应用包括高通量测序(NGS)、qPCR/ddPCR/PCR、微阵列以及其他酶反应 。 为了最大限度地提高回收率、稳定性和速度 , 以促进整个 NGS 工作流程 , AMPure XP 试剂盒被优化 , 有效降低重要遗传信息丢失的风险 , 进而满足当今基因组应用的严格要求 。 目前 , 基于SPRI磁珠技术(固相载体可逆化固定技术)的AMPure XP核酸纯化试剂已被200多种商业NGS试剂盒写入SOP , 并在超过15000篇学术论文中被选用 。
【多元化|多元化创新技术助推基因组学研究】
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图2 SPRI磁珠 结构特点及工作原理
均一粒径 , 颗粒尺寸优化 , 高表面积/质量比
固相载体可逆化固定技术
(专利技术:使磁珠跟核酸可进行可逆的结合和分离)
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