如何用omicsbean分析组学数据 omics组学杂志 _经验分享

【如何用omicsbean分析组学数据 omics组学杂志】
戴面具说经济那个叫什么说经济
面具经济学。戴面具说经济是指一种经济学理论，也称为“面具经济学”（Maskonomics），该理论认为，戴口罩可以减少病毒传播，从而降低疫情对经济的影响，因此在疫情期间应该大力推广戴口罩的做法。戴面具说经济在新冠疫情期间得到了广泛的关注和应用，成为了一种新的经济学思潮。
biology的研究方法
生物学的一些基本研究方法——观察描述的方法、比较的方法和实验的方法等是在生物学发展进程中逐步形成的。在生物学的发展史上，这些方法依次兴起，成为一定时期的主要研究手段。现在，这些方法综合而成现代生物学研究方法体系。18世纪下半叶，生物学不仅积累了大量分类学材料，而且积累了许多形态学、解剖学、生理学的材料。在这种情况下，仅仅作分类研究已经不够了，需要全面地考察物种的各种性乱租状，分析不同物种之间的差异点和共同点，将它们归并成自然的类群。比较的方法便被应用于生物学。
运用比较的方法研究生物，是力求从物种之间的类似性找到生物的结构模式、原型甚至某种共同的结构单元。G.居维叶在动物学方面，J.W.von歌德在植物学方面，是用比较方法研究生物学问题的著名学者。用比较的方法研究生物，愈来愈深刻地揭示动物和植物结构上的统一性，势必触及各个不同类型生物的起源问题。19世纪中叶，达尔文的进化论战胜了特创论和物种不变论。进化论的胜利又给比较的方法以巨大的影响。早期的比较，还仅仅是静态的共时的比较，在进化论确立后，比较就成为动态的历史的比较了。现存的任何一个物种以及生物的任何一种形态，都是长期进化的产物，因而用比较的方法，从历史发展的角度去考察，是十分必要的。
早期的生物学仅仅是对生物的形态和结构作宏观的描述。1665年英国R.胡克用他自制的复式显微镜，观察软木片，看到软木是由他称为细胞的盒状小室组成的。从此，生物学的观察和描述进入了显微领域。但是在17世纪，人们还不能理解细胞这样的显微结构有何等重要意义。那时的显微镜未能消除使影像失真的色环，因而还不能清楚地辨认细胞结构。19世纪30年代，消色差显微镜问世，使人们得以观察到细胞的内部情况。1838～1839年施莱登和施万的细胞学说提出：细胞是一切动植物结构的基本单位。比较形态学者和比较解剖学者多年来苦心探求生物的基本结构单元，终于有了结果。细胞的发现和细胞学说的建立是观察和描述深入到显微领域所获得的成果，也是比较方法研究的一个重要成果。前面提到的观察和描述的方法有时也要对研究对象作某些处理，但这只是为了更好地观察自然发生的现象，而不是要考察这种处理所引起的效应。实验方法则是人为地干预、控制所研究的对象，并通过这种干预和控制所造成的效应来研究对象的某种属性。实验的方法是自然科学研究中最重要的方法之一。17世纪前后生物学中出现了最早的一批生物学实验，如英国生理学家W.哈维关于血液循环的实验，J.B.van黑尔蒙特关于柳树生长的实验等。然而在那时，生物学的实验并没有发展起来，这是因为物理学、化学还没有为生物学实验准备好条件，活力论还占统治地位。很多人甚至认为，用实验的方法研究生物学只能起很小的作用。
到了19世纪，物理学、化学比较成熟了，生物学实验就有了坚实的基础，因而首先是生理学，然后是细菌学和生物化学相继成为明确的实验性的学科。19世纪80年代，实验方法进一步被应用到了胚胎学，细胞学和遗传学等学科。到了20世纪30年代，除了古生物学等少数学科，大多数的生物学领域都因为应用了实验方法而取得新进展。系统科学源自对还原论、机械论反身提出的有机体、综合哲学，从C.贝尔纳与W.B.坎农揭示生物的稳态现象、维纳与艾什比的控制论到贝塔郎菲的一般系统论，系统生态学、系统生理学等先后建立与发展，20世纪70-80年代系统论与生物学、系统生物学等概念发表。从香农信息论到I.普里戈津的耗散结构理论，将生命看作自组织化系统。细胞生物学、生化与分子生物学发展，艾根提出细胞、分子水平探讨的超循环理论，20世纪90年代曾邦哲的系统遗传学及系统医药学、系统哗知兆生物工程概念发表。随着基因组计划、生物信息学发展，高通量生物技术、生物计算软件设猛盯计的应用，带来系统生物学新的时期，形成“omics”系统生物学与计算系统生物学的发展，国际国内系统生物学研究机构建立而进入系统生物学时代。

系统生物学的简介 systems biology（贝塔郎菲称为“有机生物学”，不同于“systematic biology”生物系统学 - 过去也译为系统生物学）
“系统生物学” (systems biology) 一词在美国NIH 的PubMed 文献库最早可检索到Zieglgansberger W 和Tolle TR 于1993 年发表的一篇神经系统疾病研究的论文摘要中，根据1968 年国际系统理论与生物学 (systems theory and biology) 会议上Mesarovic D.提出systems biology词汇（术语）的定义为采用系统论方法研究生物学，1989 年在美国召开的生物化学系统论与生物数学国际会议探讨了生物学的系统论与计算生物学模型研究。系统理论和系统思想对于中国知识分子并不陌生，1980 年代在中国学术界曾经流行过“三论”——系统论、信息论和控制论与系统科学。美籍奥地利科学家贝塔朗菲 (L. Bertalanffy) 在 1970 年代创立的“一般系统论” (general system theory），尽管贝塔朗菲是以生物学家的身份思考、研究，并不仅适用于生命科学，而且广泛应用于物理学、心理学、经济学和社会科学等各门学科；因而，过去所谈论的主要是在理论生物学层面上和普适性强的一般系统论，本文所要介绍的系统生物学 (systems biology），则是生命科学研究领域的一门组学、计算和转基因系统生物技术等成熟的迅速发展学科。1924~1928 年贝塔郎菲多次发表系统论的文章，阐述生物学中有机体概念，提出把有机体当作一个整体或系统来研究，1950年发表生物学与物理学中的系统论和1952年发表抗体系统论[注 ]等开创了系统生物学，第10 届国际分子系统生物学会议称贝塔郎菲为第一个系统生物学家（理论层面），贝塔郎菲开创的系统生物学模型至今仍然很现代。自20 世纪60 年代系统生物学概念和词汇的提出和60-80年代系统生态学、系统生理学的进展，90年代系统生物医学、系统医学、系统生物工程与系统遗传学的概念发表，20 世纪未细胞信号传导与基因调控的研究与系统论方法的结合，进入了分子细胞层次的系统生物学（实验与理论结合）研究与发展时期。
作为人类基因组计划的发起人之一，美国科学家莱诺伊·胡德 (Leroy Hood) 也是组学 (omics) 生物技术开创者之一。在胡德看来，系统生物学的重新提出和人类基因组计划有着密切的关系。正是在基因组学、蛋白质组学等新型大科学发展的基础上，孕育了系统生物学的高通量生物技术和生物信息技术。反之，系统生物学的诞生进一步提升了后基因组时代的生命科学研究能力。1996 年在北京举办的第 1 届国际转基因动物学术研讨会，中科院曾邦哲（曾杰）阐述了系统论与生物遗传学、转基因研究等，1999 年元月于德国建立了系统生物科学与工程网（英文），表述生物系统结构论（structurity theory）的结构整合 (integrative）、调适稳态（stability）与层级建构（constructive) 等综合（synthetic）系统理论规律，并定义实验、计算系统研究，同系统科学、计算机科学、纳米科学和生物医学、生物工程等领域国际科学家广泛通讯，倡导分子生物技术和计算机科学 -　实验生物学家与计算生物学家结合研究生物系统，唤起了一大批生物学研究领域以外的专家的关注。
正如1994年曾杰（曾邦哲）“论系统生物工程范畴”等表述的21世纪将进入“系统生命科学与生物工程的时代”，1999-2000年系统生物学与工程（合成生物学）领域论文大量涌现。也如胡德所说，“系统生物学将是 21 世纪医学和生物学的核心驱动力”，基于这一信念，在系统生物学已经就要成为新的学术潮流时，1992年建立华盛顿大学分子生物技术系的胡德，在1999 年年底辞去了美国西雅图市华盛顿大学的教职，与另外两名志同道合的科学家一起2000 年创立了世界上第一个系统生物学研究所 (Institute for Systems Biology）。与此同时或1999年更早的中期不少科学家开始了论述，2000 年日本举办了国际系统生物学会议，2000 年美国 E. Kool 重新提出合成生物学 - 基于系统生物学的基因工程。随后，系统生物学便逐渐重新得到了生物科学界的认同。2002 年03 月，美国《科学》周刊登载了系统生物学专集，该专集导论中的第一句话这样写道：“如果对当前流行的、时髦的关键词进行一番分析，那么人们会发现，‘系统’高居在排行榜上。” 系统生物学的基本工作流程有这样四个阶段。首先是对选定的某一生物系统的所有组分进行了解和确定，描绘出该系统的结构，包括基因相互作用网络和代谢途径，以及细胞内和细胞间的作用机理，以此构造出一个初步的系统模型。第二步是系统地改变被研究对象的内部组成成分（如基因突变）或外部生长条件，然后观测在这些情况下系统组分或结构所发生的相应变化，包括基因表达、蛋白质表达和相互作用、代谢途径等的变化，并把得到的有关信息进行整合。第三步是把通过实验得到的数据与根据模型预测的情况进行比较，并对初始模型进行修订。第四阶段是根据修正后的模型的预测或假设，设定和实施新的改变系统状态的实验，重复第二步和第三步，不断地通过实验数据对模型进行修订和精练。第一到第三阶段，也就是以下的“整合”- 系统理论、“干涉”- 实验生物学和“信息”- 计算生物学等研究，即系统论和实验（experimental）、计算（computational）方法整合的系统生物学概念，目标就是要得到一个理想的模型，使其理论预测能够反映出生物系统的真实性。

论述蛋白质组学与基因组学的区别和联系组学omics，研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学，转录组学，蛋白质组学，代谢组学。
基因组学研究的主要是基因组DNA，使用方法目前以二代测序为主，将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。当然这仅仅是第一步，随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。
转录组学研究的是某个时间点的mRNA总和，可以用芯片，也可以用测序。芯片是用已知的基因探针，测序则有可能发现新的mRNA,
蛋白组学针对的是全体蛋白，组要以2D-Gel和质谱为主，分为top-down和bottom-up分析方法。理念和基因组类似，将蛋白用特定的物料化学手段分解成小肽段，在通过质量反推蛋白序列，最后进行搜索，标识已知未知的蛋白序列。
代谢组分析的代谢产物，是大分子和小分子的混合物，主要也是用液相和质谱。
总而言之，这些技术都想从全局找变量，都是一种top-down的研究方法，原因很简单：避免‘只缘身在此山中’的尴尬。
但因为技术局限，都各有缺点，尤其是转录组和蛋白组数据，基本上颠覆了以前一直认为的mRNA水平能代表蛋白水平的观念，因为这两组数据的重合度太低。
所以目前很多研究都开始使用交叉验证方法。
无论如何，都需要对数据进行分析，有经验的分析往往能化腐朽为神奇。
组学是指的什么概念？在分子生物学中，组学主要包括基因组学、蛋白组学代谢组学、转录组学、脂类组学,免疫组学、糖组学和RNA组学学等。通过对基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据进行整合分析，可以了解目标样本内基因、RNA、蛋白质和代谢产物的基本状态，从而对生物系统进行全面解读。
随着科学研究的进展，人们发现单纯研究某一方向无法解释全部生物医学问题，科学家就提出从整体的角度出发去研究人类组织细胞结构，基因，蛋白及其分子间相互的作用。
通过整体分析反映人体组织器官功能和代谢的状态，为探索人类疾病的发病机制提供新的思路，基因组学这门学科就是研究这些基因以及这些基因间的关系。
自基因组和基因组学两个名词诞生至今，现在已有成千上万的“组”和“组学”出现。它们中的一部分已经被牢固地确立为一个重要的知识体系和研究领域。但有些却并非如此，并且招来各种各样的谴责，被认为是多余的、琐碎的、不实的、不合语法的甚至于更糟。
如何用omicsbean分析组学数据
楼上关于组学概念以及基因组概念，解释的非常好。组学数据复杂大通量，以前都是公司或世闭猜者通过很多大型软件以及数据库，非常复杂难学。但是omicsbean这款软件，成功的解决了这些问题，软件可以一站式完成以上组学数据的统计学以及生物信息学分析，同时兼具各大生物学数据库综合查询功能，直接输出规范美观的图表文字，态春直接用于文章发表。具体使用方法很简单，无需专业数据分析背景，很快搜型就可以学会。软件具体使用方法：可以在软件主界面上--help-introduction里看到。
关于omics和omics组学杂志的内容就分享到这儿！更多实用知识经验，尽在 www.hubeilong.com