JITC：血液TMB有望成为肺癌免疫治疗预测性生物标志物 _健康小知识

免疫检查点抑制剂（ICI）给50%以上的非小细胞肺癌（NSCLC）患者带来了生存获益[1]；然而还是有很多患者无法从治疗中获得益处，而且接受免疫治疗的部分患者还会出现严重的不良反应。
因此，如何准确地识别出哪些患者可以从免疫治疗中受益，最大限度地提高疗效和减少毒性，一直是科学家们努力奋斗的方向之一。
肿瘤突变负荷（TMB）是一种有前景的生物标志物，它是肿瘤基因组中每个编码区的体细胞突变总数。已有研究发现高TMB肿瘤可能会产生更多新抗原，进而引发更强地抗肿瘤免疫反应[2,3] 。
早在2020年， FDA就批准了FoundationOneCDx（F1CDx）用于不可切除或转移性高TMB实体瘤患者进行基于组织肿瘤突变负荷（tTMB）的评估，以10mut/Mb为临界值来决定在哪些患者中使用帕博利珠单抗[4] 。
但是， tTMB评估需要对患者进行有创操作，存在固有并发症的风险。此外，活检取材少，可能会导致DNA量不足而影响分析结果[5] 。而基于血液肿瘤突变负荷（bTMB）不仅可以弥补tTMB检测的缺陷，还可以避免原发性和转移性病变之间的空间肿瘤内异质性。
近日，由罗氏DanielKlass领衔的研究团队，在JournalforImmunoTherapyofCancer上发表重要研究成果[6] 。他们基于bTMB ，设计了肺TMB面板，用于检测I期至IV期NSCLC患者。
结果显示：当以tTMB临界值16mut/Mb为判定标准时， 1.1Mb的肺TMB面板具有高度准确的TMB检测响应性，阳性预测值（PPV）为95% ，相当于bTMB的42mut/Mb；但bTMB的阳性符合率（PPA）相对较低，为32% 。但在IV期NSCLC患者中，且cfDNA输入量至少为20ng时， bTMB的PPA可以提高到63% ，并且可以将检测面板最小化到577kb 。
这一结果有望使bTMB成为NSCLC患者免疫治疗的预测性生物标志物。

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论文首页截图
首先，研究人员利用已有~2.2M的tTMB检测面板对183份肿瘤组织样本进行分析，结果显示tTMB检测面板的TMB中位值高于TCGA数据库中肺癌、腺癌和鳞状细胞癌样本的全外显子测序（WES）分析值（13.9vs7.6）。此外， in-silico模拟比较显示tTMB面板与FDA批准的F1CDx面板具有良好的相关性（R2=0.99）。
接下来， Klass团队利用CAPP-Seq面板设计算法，尽可能设计一个较小的、且突变最大化的、用于肺TMB检测的血浆面板，以使每个样本的检测成本最小化。研究人员以覆盖关键基因的约300Kb为核心，每次添加约50Kb ，最终形成一个约1.1Mb的肺TMB面板，覆盖965个基因的外显子区域。
紧接着，研究人员用肺TMB面板对178份血浆样本进行分析，结果显示测序深度与cfDNA输入量密切相关，当cfDNA输入量大于30ng ，测序深度大于3000 ，表明该面板检测突变高度准确。
为了评估肺TMB面板的临床效果，研究人员利用Rizvi等人发表的NSCLC队列WES数据进行了in-silico模拟评估[7] 。结果显示， WES临界值（10mut/Mb）转换后相当于肺TMB面板的19.3mut/Mb 。
此外，在持久临床获益（DCB）和无持久临床获益（NDB）患者中，与WES相比，肺TMB面板对两类患者的分离效果更强（p=0.002），在对无进展生存（PFS）率的改善预测分析中，同样地，肺TMB面板分离效果更强（p=0.0039,HR=4.023）。

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肺TMB面板可以将DCB和NDB患者分开，同样可以将不同PFS率的患者分开
为了比较肿瘤组织TMB面板与肺TMB面板的TMB值，研究人员利用肺TMB面板重新捕获组织样本，并确定两个面板间TMB值的相关方程，分析显示组织面板中16mut/Mb对应于肺TMB面板中42mut/Mb 。