德尔塔奥密克|最早发现于法国的德尔塔奥密克戎重组变异如何？巴斯德研究所详解重组|病例|异体|研究人员|谱系

重组是许多生物进化过程中的一个关键过程。冠状病毒等正链RNA病毒中，重组也经常发生，这一现象被认为与病毒宿主范围扩大、抗原转移或毒性变异等重大流行病学事件有关。
世界卫生组织（WHO）在关于COVID-19流行病学情况的最新周报中即指出， SARS-CoV-2病毒继续进化。鉴于目前全球范围内的高水平传播，很可能会出现更多的变异体，包括重组变异体。该组织正在追踪的重组变异体，包括Delta(AY.4)和Omicron(BA.1)的重组变异体（XD Pango谱系) ，以及BA.1和BA.2的重组体(如XE Pango谱系) 。
其中， XD重组变异体目前传播似乎仍然有限，被视为“监测中的变异株”（VUM），可获得的证据并不表明它比其他流行变种更具传染性。 XE重组变异体则于1月19日在英国首次发现，截至3月底，已报告和确认了约600个序列。早期的估计表明，与BA.2相比， XE具有1.1倍的社区增长率优势(约10%的传播优势) 。不过，世卫组织也强调，这一发现需要进一步证实。
对于上述的XD重组变异体，法国巴斯德研究所等团队的研究人员近日在预印本平台Research Square上发布了一项最新研究，题为“在欧洲发现的Delta-Omicron SARS- CoV-2重组病毒的快速鉴定”（Rapid characterization of a Delta-Omicron SARS- CoV-2 recombinant detected in Europe）。他们指出，这种重组变异体表现出与奥密克戎相似的免疫逃逸特性，而其在表达人类ACE2受体（hACE1）的小鼠中的行为更类似于德尔塔毒株。
研究团队认为，这种重组变异体提供了一个独特而自然的机会，可以更好地了解SARS-CoV-2中的基因型与表型之间的联系。

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XD谱系的基因组和最初发现。
法国北部常规监测中发现XD重组变异体
COVID-19大流行发展至今，不断关切变异体在“接力”引发每一波高潮。就在奥密克戎之前，德尔塔病毒在全世界范围内引起广泛传播。法国巴斯德研究所等团队的研究人员在论文中指出，当两种遗传上不同的病毒共同感染细胞时，重组过程可能发生。
2022年初，在法国EMERGEN联盟和欧洲为常规SARS-CoV-2基因组监测的多个实验室公开分享了2个序列，最初分别被Pangolin和Nextclade归类为Delta AY.4和21J 。对这些基因组的进一步检查显示，仅在基因组的一部分中即存在BA.1谱系特征的大量特征突变，高度暗示了重组。
该谱系被GISAID指定为分支GKA ，然后Pango谱系指定其为XD ，并于2022年3月17日被欧盟疾控中心（ECDC）归类为监测中的变异株。
该重组变异株的最早序列于1月3日在法国北部的常规监测期间采样获得。截至3月18日，通过随机抽样和聚类调查，已在法国多个地区以及丹麦、荷兰、比利时和德国检测到XD谱系。所调查的大多数病例报告没有旅行史，一例来自意大利的病例除外。研究认为，这表明尽管广泛但传播较少。
他们进行的流行病学调查的数据来自1月3日至3月9日期间在法国发生的32例确诊XD病例和6例SARS-CoV-2检测呈阳性的疑似病例。作为比较，他们还使用了最近在法国使用相同方法对奥密克戎（BA.1）病例调查获得的流行病学数据。
XD感染患者中位年龄为32.5岁，与奥密克戎病例（35岁）相似。不过，与奥密克戎病例（11.3%）相比， 20岁以下的XD病例占25.7% 。另外，只有2例XD病例报告了此前发生过SARS-CoV-2感染（5.6%），低于奥密克戎（14%）。没有XD病例超过70岁，也没有报告危险因素。只有6%的重组病例未接种疫苗，奥密克戎病例为27% 。