商业秘密司法鉴定的问题有：
(一)关于鉴定机关的资质问题；
(二)关于当事人的举证责任问题；
(三)关于出版物公开和秘密性的关系问题 。
【法律依据】
【商业秘密司法鉴定有哪些问题】《司法鉴定程序通则》第2条规定：“司法鉴定机构接受鉴定委托，应当要求委托人出具鉴定委托书，提供委托人的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料 。委托人委托他人代理的，应当要求出具委托书 。”

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