原因：
在几十年前，箫剑和小燕子他们家，也就是方家 ， 因为文字狱被满门抄斩，而他俩侥幸逃过一劫 。然后箫剑长大了，为了报仇而杀皇上 。
【还珠格格中萧剑为什么要杀皇上】出处：根据第85集内容可知箫剑带晴儿离去，但经晴儿劝说又复归队 。黎大人回京报告几人伤势，呈上在四合院发现的药方和诗 。在令妃劝进下，皇上派出了福伦 。箫剑带众人来到贺家，永琪见正在练武的箫剑和小燕子亲密接触，醋意引发冲突升级 。箫剑情急之下，竟坦白小燕子是其亲生妹妹，并述说他们本姓萧 ， 父亲被人追杀，母亲殉情 。皇上将紫薇舅公舅婆带至慈宁宫 ， 他们当面招认曾受蒲公公指使作伪 。

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