图3广谱中和抗体SA55和SA58
血浆中和数据也显示 , XBB , CH.1.1和BQ.1.1.10(或BQ.1.18)等毒株不仅逃逸了三针灭活疫苗接种者的血浆 , 也几乎完全逃逸奥密克戎BA.1/BA.2/BA.5突破感染者的血浆样本 , 显示出极大的免疫逃逸能力(图4) 。
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图4奥密克戎亚型逃逸疫苗接种者与康复者血浆中和
为了探究不同奥密克戎变异株呈现“趋同演化”现象的具体机制 , 团队从BA.1、BA.2或BA.5突破感染康复者体内富集了抗原特异性记忆B细胞 , 发现其中大部分记忆B细胞交叉结合新冠原始株和奥密克戎变异株 , 印证了之前作者团队报道的存在于奥密克戎突破感染中的“免疫印迹”现象 。 基于高通量深度突变扫描技术 , 团队对不同来源的3051个交叉结合新冠原始株与奥密克戎变异株的抗体进行了突变逃逸图谱测定与聚类分析(图5a) , 发现奥密克戎特别是BA.5变体突破感染刺激产生的有效中和抗体种类明显减少 , 产生的主要是E2.2、E3和F1等不竞争ACE2结合表位且中和能力较弱的抗体(图5b-d) 。
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图5奥密克戎亚型变异株突破感染刺激产生抗体的表位表征
基于抗体逃逸图谱、抗体中和活性、RBD突变对于ACE2亲和力变化等数据 , 团队建立了一个模型 , 分别计算了BA.2和BA.5突破感染刺激产生抗体的突变逃逸图谱(图6a) , 结果显示 , BA.5突破感染刺激产生抗体的突变逃逸位点显著减少 , 表明其结合表位多样性明显减少 。 这提示 , 免疫印迹现象使得奥密克戎变异株突破感染刺激产生中和抗体表位多样性降低 , 导致免疫压力集中 , 从而加速了病毒的趋同进化 。 在此基础上 , 研究者基于2022年8-9月真实世界的主流免疫状态 , 基于计算模型预测了BA.2.75和BA.5的进化趋势(图6b) , 这在随后趋同进化产生的新毒株中得到验证 。
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图6免疫印迹效应加速了抗体逃逸突变的趋同进化
另外 , 研究人员基于BA.2.75和BA.5突变株的预测进化趋势 , 设计了携带不同RBD和NTD预测突变组合的假病毒(图7a),并测定了这些假病毒对不同中和抗体药物和血浆样本的中和情况及ACE2亲和力(图7b-g) , 结果显示 , 对BA.5或BA.2.75突变株最少引入5个突变就可以逃逸包括BA.5突破感染者在内的不同免疫状态下的几乎所有血浆样本 。 并且合成的假病毒与之后真实世界流行的BQ.1.1支系 , CH.1.1支系等高度相似 , 验证了预测模型的准确性 。
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图7趋同逃逸突变的累积能够几乎完全逃逸BA.1/BA.2/BA.5突破感染血浆的中和作用
本研究揭示了“免疫印迹”造成的奥密克戎突破感染刺激产生抗体表位多样性降低 , 进而导致免疫压力集中化 , 促使新冠病毒RBD蛋白发生趋同演化的现象 , 这些积累趋同进化突变的病毒在获得极强突变逃逸能力的同时 , 也保持了较高ACE2亲和力 。 本研究中的预测方法为预测病毒突变演化趋势、开发广谱疫苗和抗体药物提供了参考资料 , 且具有扩展到其他体系的潜力 。 同时 , 研究结果也提示 , 基于BA.5突变株研发的疫苗对于其他变体的交叉保护效果很可能不够理想 , 进一步开发设计能够克服免疫印迹、激活广谱中和抗体的新型疫苗至关重要 。 而以SA55+SA58抗体组合为代表的广谱中和抗体既可以通过鼻喷给药方便快捷地在呼吸道建立短效预防 , 又可以通过注射实现感染初期的治疗和中长期预防 , 特别适用于保护高风险的医护人员以及不宜接种疫苗的免疫缺陷人群和老年人 。 SA55与SA58已经授权给科兴生物进一步开发 , 初步的单盲随机对照试验显示 , 喷雾吸入一次提供的即时保护可维持6-12小时 , 预防感染效率可达到80%以上 , 且成本较低 , 方便使用 , 目前正在进行更严谨的临床试验 , 预计将来可以大规模推广 。
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